Le Tribunal administratif de Toulouse était historiquement appelé "Conseil de Préfecture" Institution initiée le 17 février 1800 composée de conseillers de préfecture. Cette Institution siégeant auprès du Préfet, remplissant des fonctions à la fois consultatives et contentieuses, à l'image du rôle du Conseil d’État.
La loi du 21 juin 1865 crée un greffe et généralise les audiences publiques avec débats oraux. En 1926, ces conseils deviennent interdépartementaux.
La réforme fondatrice des tribunaux administratifs intervient par le décret du 30 septembre 1953, entérinant la création de tribunaux en lieu et place des Conseils de Préfecture, le Conseil d’État devient juge d'appel uniquement.
Gérés à l'origine par le ministre de l'Intérieur, les tribunaux administratifs relèvent désormais du Conseil d’État, pour la gestion des magistrats et des agents de greffe (à compter du 1er janvier 1991).